参见：小林制药红麹补充品事件

小林制药于2024年3月22日表示，有消费者服用该公司含红曲成分的保健品后出现肾脏疾病等健康问题，决定紧急召回公司3款含红曲成分保健品。

3月26日，小林制药表示，一名服用相关成分的消费者死于肾病，正在调查因果关系。截至24日，小林制药确认26人服用相关产品后出现肾脏疾病而入院治疗；26日新收到约50人服用含红曲成分保健品后住院的报告。该公司2023年生产的18.5吨红曲原料中，有约16吨出售给其他公司用于酿酒、食品制造等用途。该公司已通过旗下销售公司向采购原料的企业发出召回请求，受影响企业也已宣布召回相关产品[3]。小林制药公司还从日本消费者厅撤回8种红曲保健品作为功能性标识食品的备案。[4]

3月27日，服用过小林制药相关产品后的死亡案例增至2人、住院案例增至106人。[5]台湾下架问题产品共121件。[6]香港分公司表示未有进口和销售相关产品，但不排除市面上存在水货。[7]3月28日，服用小林制药红曲保健品后死亡的人数又增至4人。小林制药的社长小林章浩向股东道歉。[8]小林制药还将赔偿18亿日圆给向该公司购买红麹原料的厂商。[9]

截至3月28日晚，服用小林制药含红曲成分保健品的死亡人数增加至5人，住院人数增加至114人。[10]中国消费者协会于3月29日发布消费提示，上述产品未在中国大陆市场渠道销售，消费者如已通过跨境平台、海外代购等购买有关产品，应立即停止服用并联系小林制药中国客服中心。[11]根据日本厚生劳动省3月29日表示，在红麹保健品中检验出由青霉菌所产生的一种毒素名为软毛青霉酸（Puberuic Acid），推测是生产制程中遭到污染[12]。

小林制药自红麹事件后，小林章浩将社长一职转让给山根聪，自此小林制药开始由外姓人士担任社长。